Во второй половине XIX века после Крымской войны (1853–1856), когда многие крымские караимы были вынуждены покинуть прибрежные города из-за боевых действий и переселиться в глубь полуострова и в близь лежащие губернии, и благодаря послаблениям в российском законодательстве начинается процесс расселения караимов во внутренние губернии империи. В этот период процветающие караимские общины находились в Одессе, Киеве, Харькове, Екатеринославе, Москве, Санкт-Петербурге. Общины небольшие, но весьма богатые, так что их удельный вес во внутренней караимской политике с течением времени только возрастает. Именно в этих общинах появляется слой предпринимателей-фабрикантов, занятых, в основном, в табачной промышленности.
А также караимов, занятых в области так называемых «свободных» профессий: врачей, журналистов, юристов. Можно говорить о том, что в караимской общине начинает образовываться современный средний класс. Финансовое благополучие и отсутствие правовых ограничений для столь малочисленной общности как караимы несли с собой и негативные последствия. Так, уже на рубеже веков, когда традиционные институты утратили свою значимость, среди караимов наблюдаются высокие темпы аккультурации, а со временем и ассимиляции. Традиционная община постепенно исчезает, но на смену ей не приходит новый тип организации.