Под влиянием политики российских властей в 30-х – 40-х годах начинаются попытки выстроить свою, отдельную от евреев, историческую традицию караимов, проживающих на территории Российской империи. Появление собственно «тюркско-хазарской» теории происхождения восточно-европейских караимов относится к середине XIX века. Впервые эта теория была высказана русским востоковедом Григорьевым в статье «Еврейские религиозные секты в России» в 1846 году и, поначалу, не была замечена караимами.
Караимские интеллектуалы второй половины XIX века, безусловно, уже хорошо знакомы с основными положениями этой теории и, зачастую, в своих произведениях, не отказываясь от традиционной теории, пытаются включить в нее те или иные элементы «тюрко-хазарской». Караимский национализм в условиях Российской империи, то есть в условиях идеологического и юридического размежевания с еврейской общиной, принял облик «научной» «тюркско-хазарской» теории. Главным аргументом в пользу этой теории был тюркский язык восточно-европейских караимов, содержавший, с точки зрения сторонников теории, архаизмы, которые могли быть объяснены лишь хазарским происхождением караимов. Как и любая другая национальная идея, «тюркско-хазарская» теория, будучи новой идеологией, возводила себя к «старой», «утраченной» традиции, возродить и объяснить которую удается лишь на новом витке развития науки, в данном случае, востоковедения.
