Большинство крупных и даже средних компаний зарегистированы в Москве и уплачивают налог на прибыль в московский бюджет. Но даже если компания (тот же Газпром) зарегистрирована в регионе, на налоговом учете она стоит в специализированной ИФНС по особо крупным налогоплательщикам, а значит вынуждена держать весь свой финансовый блок в Москве. Все самые высокооплачиваемые сотрудники всех крупных компаний платят НДФЛ в московский бюджет. Вот и ответ.